В 1940 году Н.И. Вавилов был арестован по обвинению в антисоветской деятельности, а в январе 1943 года скончался от крупозного воспаления легких и истощения в Саратовской тюрьме No1.
Но его дело продолжало жить.
От истощения в блокаду умерли многие сотрудники института, каждое семечко они ставили выше своей жизни.
До войны коллекция семян ВИР насчитывала более 250 тысяч. В первую волну эвакуации часть семян (примерно 20 тыс.) вывезли сотрудники в ручной клади, часть эвакуировали самолетом (около 40 тыс.) и около 100 тыс. вывозили на поезде, но не успели, город был захвачен немцами и поезд вернулся.
Даже сегодня точно не известно точное количество сотрудников, что несли охрану института и семян от воров, а такие случаи были зафиксированы и от крыс. В это время сотрудники получали, как и все служащие иждивенцы 125 граммов хлеба в день.